Prodi Fisika UAD resmi berdiri pada tanggal 19 Desember 1994 berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 102/D/O/1994. Prodi ini dibuka dengan tujuan untuk memenuhi kebutuhan akan sarjana berbasis ilmu murni yang juga terampil dalam ilmu terapan, sesuai dengan tuntutan kemajuan sains dan teknologi.

Prodi Fisika berkomitmen menyelenggarakan program studi yang berkualitas dengan tatakelola yang baik. Oleh karena itu, Prodi Fisika selalu mengikuti asesmen akreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional-Perguruan Tinggi (BAN-PT) setiap lima tahun sekali pada tahun 2002, 2007, 2012 dan pada tahun 2016 memperoleh peringkat akreditasi A berdasarkan SK nomor 1665/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2017. Dengan peringkat akreditasi institusi Universitas Ahmad Dahlan dan akreditasi program studi A, Prodi Fisika UAD mendapat pengakuan sebagai salah satu dari 20 prodi fisika terbaik nasional, sejajar dengan prodi fisika di ITB, UI, UGM, ITS, IPB, Undip, UNS, UB, Unair dan 10 prodi fisika lain yang terakreditasi A oleh BAN-PT.

Di awal tahun berdirinya, Prodi Fisika menempati kampus I UAD, di Jalan Kapas. Mulai Tahun 1999, Prodi Fisika mulai menempati Kampus III UAD, di Jalan Prof. Dr. Soepomo dengan laboratorium terpadu terletak tidak jauh dari Kampus III. Sedangkan mulai tahun ajaran 2017/2018 Prodi Fisika menempati Kampus IV UAD yang berlokasi di Jl. Ring Road Selatan, Tamanan, Banguntapan, Yogyakarta. Prodi Fisika mulai menerima mahasiswa baru pada tahun 1995 dengan membuka satu kelas. Mahasiswa yang diterima berasal dari DIY, Jawa Tengah, Jawa Barat dan NTB. Dalam perkembangan jumlah mahasiswa dan daerah asal mahasiswa berkembang meluas dari berbagai daerah di Indonesia. Budaya prestasi senantiasa melekat pada mahasiswa Prodi Fisika. Hal ini dibuktikan antara lain dengan diraihnya berbagai prestasi mahasiswa: peraih medali emas dalam PIMNAS XVIII atas nama Dian Agus Maryanto, juara 3 Tapak Suci dalam 2012 Brawijaya International Open atas nama Miftakuddin, Juara 1 Tae Kwon Do dalam Setu Mok’s Tae Kwon Do Competition 2016 atas nama Fitriadi Nur Alfakhri, dan Gold Medal dalam iFINOG 2018 di Universiti Malaysia Pahang atas nama Nurul Wulandari.

Sejak tahun 2012, Prodi Fisika mengembangkan sayap bisnis berbasis teknologi dan di bawah bendera PT Adi Multi Kalibrasi. Unit bisnis Laboratorium Kalibrasi dan Uji Universitas Ahmad Dahlan (LKU-UAD), telah memperoleh akreditasi KAN dan telah mendapatkan ijin operasional Kemenkes RI untuk melakukan kalibrasi alat-alat kesehatan. Saat ini LKU-UAD telah melayani kalibrasi dan layanan ke-metrologi-an lainnya dengan berbagai lembaga dan rumah sakit. LKU-UAD juga telah memiliki cabang usaha di Makassar. Mahasiswa Prodi Fisika dapat langsung merasakan praktek kerja kalibrasi alat medis di lingkungan sebenarnya. Lulusan prodi Fisika dengan kompetensi metrologi yang memenuhi standar dapat langsung diterima bekerja di LKU-UAD, bahkan sebelum prosesi wisuda. CIRNOV (Center for Integrated Research and Innovation) – sayap riset dan inovasi yang berkonsentrasi dalam riset pengembangan di bidang sensor infra merah untuk ketahanan pertahanan-keamanan nasional, energi terbarukan, serta material maju; telah memiliki kemitraan strategis dengan LPDP, LAPAN, PT PINDAD, dan Kementrian Pertahanan RI. Disamping itu Prodi Fisika UAD aktif menjalin kerjasama dengan LIPI, BATAN, NanoCenter Indonesia dan Badan Geologi Kementrian ESDM, serta tetap memertahankan jejaring kerjasama dengan perguruan tinggi luar negeri ternama almamater pengajar di Prodi Fisika UAD, antara lain University of Essex UK, Universiti Kebangsaan Malaysia, Nanyang Technological University Singapura, National Institute for Materials Science Jepang, National Dong-Hwa University Taiwan, University of oulu Findlandia, Universitat Tubingen Jerman, University of Texas at San Antonio USA, dan Universidad de Cordoba Spanyol.

Selama kurun waktu 23 tahun Prodi Fisika mengalami pergantian kepemimpinan sebanyak 5 kali. Pada tahun 1994 – 1996 Prodi Fisika dipimpin oleh Dr. Moh. Toifur. Selanjutnya pada tahun 1997 – 2002 dipimpin oleh Margi Sasono, M.Si. Kemudian tahun 2002 – 2007 dipimpin oleh Dr. Oktova, 2007-2012 dipimpin oleh Shantiana Tri Erawati, M.Si. Selanjutnya periode 2012 – 2016 dipimpin oleh Bagus Haryadi, M.T. dan sejak 2016 – sekarang dipimpin oleh Damar Yoga Kusuma, Ph.D. Seiring dengan perkembangan IPTEK dan peningkatan kapasitas sumber daya manusia prodi di bidang pengujian dan kalibrasi, Prodi Fisika memperluas konsentrasinya menjadi tiga bidang: (1) Metrologi, (2) Material Elektronika, dan (3) Instrumentasi guna menjawab tantangan global.