Sebagai prodi yang kecil namun smart, dalam pengembangannya Prodi Fisika Melins di-back up oleh banyak pihak melalui kerjasama aktif dan progresisf. Beberapa Institusi dan Perusahaan yang Bekerjasama dengan Prodi Fisika Melins :

1. BMY (Balai Metrologi Yogyakarta)

2. LKU (Laboratorium Kalibrasi dan Uji) UAD – Ter-Akreditasi KAN

3. PUSFIT (Pusat Stud Fisika Terapan) UAD

4. CIRNOV (Center for Integrated Research and Innovation) UAD. CIRNOV memiliki kerjasama dengan :

• Oulu University, Finland
• LAPAN
• PT PINDAD (Persero)
• Kemhan
• dll

5. PSTA (Pusat Sains dan Teknologi Akselerator) BATAN

6. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)

6. BPPTKG (Balai Penyelidikan dan Pengembangan Teknologi Kebencanaan Geologi) Yogyakarta