Sebagai prodi yang kecil namun smart, dalam pengembangannya Prodi Fisika Melins di-back up oleh banyak pihak melalui kerjasama aktif dan progresisf. Beberapa Institusi dan Perusahaan yang Bekerjasama dengan Prodi Fisika Melins :
1. BMY (Balai Metrologi Yogyakarta)
2. LKU (Laboratorium Kalibrasi dan Uji) UAD – Ter-Akreditasi KAN
3. PUSFIT (Pusat Stud Fisika Terapan) UAD
4. CIRNOV (Center for Integrated Research and Innovation) UAD. CIRNOV memiliki kerjasama dengan :
- Oulu University, Finland
- LAPAN
- PT PINDAD (Persero)
- Kemhan
- dll
5. PSTA (Pusat Sains dan Teknologi Akselerator) BATAN
6. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)
6. BPPTKG (Balai Penyelidikan dan Pengembangan Teknologi Kebencanaan Geologi) Yogyakarta